مدیریت توانمندسازی صندوق نوآوری و شکوفایی، حامی شرکت‌های دانش‌بنیان در بهره‌برداری از خدمات توانمندسازی و تجاری‌سازی است.

در سال‌های اخیر، برنامه‌های متنوعی برای توسعه اقتصاد دانش‌بنیان و حمایت از رشد و توسعه شرکت‌های دانش‌بنیان طراحی و اجرا شده است. قلب تپنده اقتصاد دانش‌بنیان، شرکت‌های دانش‌بنیان هستند که توانمندی‌های لازم برای ایفای نقش فعال در زنجیره تأمین ملی و بین‌المللی و حضور در بازارهای رقابتی ملی و بین المللی را داشته باشند. برای تحقق این رقابت‌پذیری، شرکت‌های دانش‌بنیان به توانمندی‌هایی فراتر از توانمندی‌های فنی و مالی نیاز دارند. در این راستا صندوق نوآوری و شکوفایی از نیمه دوم سال 1394 اقدام به ایجاد مدیریت توانمندسازی کرد تا بتواند با رویکردی علمی و عملیاتی ظرفیت‌های توانمندساز کشور را تجمیع کند و از شرکت‌های دانش‌بنیان برایاستفاده از این ظرفیت‌های توانمندساز حمایت کند. به همبن منظور مدیریت توانمندسازی صندوق نوآوری و شکوفایی، خدماتی را در 7 دسته «یادگیری»، «مشاوره»، «رتبه‌بندی رقابت‌پذیری (عارضه‌یابی)»، «حفاظت از مالکیت فکری»، «حمایت از مشاوره و اخذ استانداردها و مجوزهای تخصصی و صادراتی»، «حمایت از حضور در نمایشگاه‌های داخلی و خارجی» و «رویدادها و شبکه‌سازی» به شرکت‌های دانش‌بنیان ارائه می‌کند.