شرکت‌هایی که دانش‌بنیان بودن آن‌ها توسط کارگروه تشخیص صلاحیت شرکت‌های دانش‌بنیان (معاونت علمی و فناوری ریاست جمهوری) تائید شده است، می‌توانند از انواع تسهیلات، سرمایه‌گذاری و خدمات توانمندسازی صندوق نوآوری و شکوفایی بهره‌مند شوند. 
شرکت های دانش بنیان در حال حاضر می توانند از خدمات توانمندسازی ارائه شده در 7 حوزه زیر بهره‌مند شوند:

-خدمات آموزش (اعم از خدمات آموزشی، کارگاهی، یادگیری شرکتی)

-خدمات مشاوره ساعتی (برای شناسایی و ارائه راه‌حل برای مسائل جاری شرکت‌های دانش‌بنیان)

-خدمات حمایت از اخذ استانداردها و مجوزهای تخصصی ـ محصولی و صادراتی

-خدمات رتبه‌بندی رقابت‌پذیری (عارضه‌یابی برای شناسایی و تحلیل عمیق چالش‌ها و مشکلات شرکت‌های دانش‌بنیان)

-خدمات بازاریابی (شامل خدمات نمایشگاهی، ارزیابی توان صادراتی، تدوین طرح کسب‌وکار)

-خدمات مالکیت فکری (شامل نیازسنجی و ممیزی دارایی فکری، ثبت اختراع، نشان تجاری و طرح صنعتی در داخل و خارج)

-خدمات رویدادها و شبکه‌سازی (شامل برگزاری رویدادهای ارائه نیاز فناورانه و ارائه فناوری، نشست‌های انتقال تجربه)

همچنین شرکت‌های دانش‌بنیان می‌توانند پیشنهاد خدمات توانمندسازی خود را نیز علاوه بر موارد ارائه شده در پورتال توانمندسازی، از طریق بخش پیشنهاد خدمت توانمندساز به دفتر توانمندسازی ارائه کنند.